鄭芝龍派出的這支敢死隊雖然作戰意志還算堅定，但雙方在船只性能、武器威力、作戰方式等方面都仍然存在著無法彌補的差距，在交戰中并不足以扭轉不利的被動局面。雖然的確起到了延緩敵軍艦隊前進的作用，但這基本就是靠付出一條條的人命交換得來。而聯軍屠戮他們的速度，讓這種代價巨大的付出顯得非常的不劃算。
盡管海盜們已經是拼死作戰，但他們與聯軍艦隊交戰的時間也并沒有比前一支被擊潰的海盜船隊更長，僅僅不到一個小時，海盜船隊中就已經看不到完好的帆船了。而那些貼近海漢戰船試圖用跳幫戰術來實施殺傷的海盜船，大部分都已經因為被炮火抵近轟擊而沉沒或傾覆了。
在方圓大約三四海里的海面上，到處都漂浮著船板碎片和海盜的尸體，仍在著火燃燒的海盜船至少也有十幾艘，不過已經沒有誰會在意這些緩緩下沉中的帆船上是否還有活口了。
此時已到了傍晚時分，太陽正在慢慢落向海平面，對于聯軍艦隊來說，必要趕在入夜之前完成對馬公港的第一波進攻，并爭取能夠奪取到登陸的灘頭。否則入夜之后，這么一支龐大的艦隊要在距離敵方僅僅十海里左右的海上安頓下來，其實是一件極其危險的事情。
“讓福建水師墊后清理戰場，我們的艦隊盡快重新編隊進發，天黑之前，我要踏上澎湖的土地！”王湯姆此時也是十分地著急。他倒不是很擔心自己的艦隊是否能夠順利攻取登陸點，而是怕十八芝趁著這段時間已經完成了大部隊的轉移。雖然軍方的確是打著驅趕而非剿滅的主意在進行這場戰事，但如果讓十八芝的主力毫發無傷地撤走，那其實也算是軍方的一種失職。而且這個操作失誤的鍋還必須由海軍來背，畢竟陸軍到目前為止都幾乎還沒有參加到戰斗中來。
半個小時之后，王湯姆接到石迪文用電臺傳回的消息，馬公港正有大股船隊源源不斷地往外涌出，看樣子十八芝并沒有來得及完成轉移計劃，而這也正是聯軍所期望看到的情形。
“石迪文部、羅杰部負責封鎖港口的進出航道，其他艦只隨同我部，在預定地點展開登陸作戰！”顏楚杰作為此次行動的總指揮，通過電臺向其他兩支艦隊下達了總攻的作戰指令。
馬公港的港灣出口正好是朝向西邊，而聯軍艦隊是自西向東殺過來，雙方都是在比較遠的距離上就發現了對方的存在。驚慌失措的海盜船隊正面撞上戰意正濃的聯軍艦隊，幾乎是被鋒利刀鋒切入的豆腐一樣，輕易地就被分切開來。而十八芝一方似乎已經完全失去了指揮體系，在這種混亂的場面下沒有人組織起像樣的抵抗，所有人都在試圖盡快逃離這個戰場。
王湯姆在戰前所選定的登陸地點位于馬公港北側的半島上，所有人都提前打起了精神準備迎接一場惡戰，但實際的情況卻是讓負責掩護的艦隊根本無從發揮，這里根本就沒有任何的岸防措施，并且從望遠鏡中也看不到成建制的武裝人員在岸邊活動。隨后趕到的運兵船幾乎毫無阻礙地靠岸實施了登陸，根本就沒有想象中來自十八芝的阻擊出現。
“看樣子是我們把戰斗想得太艱難了？”王湯姆對于這樣的景象也有些驚訝和無可奈何。
海漢在開戰之前做了大量的準備工作，甚至為了實施登陸作戰，還專門進行了船體改造和登陸演習，所花費的人力物力財力都不是小數目。不過從目前的狀況來看，這些準備工作似乎都顯得有點多余了。第二艘運兵船已經順利靠岸，當兩個連的陸軍下到岸上架設起一道外圍防御線之后，幾乎已經可以確定十八芝很難再組織起有效的反撲把海漢民團重新趕下海了。
“我認為這可能是因為十八芝的主力作戰部隊已經撤走了。”錢天敦發表了自己的看法：“想必鄭芝龍現在已經不在馬公港了，不然也不至于亂成這樣，這分明就是樹倒猢猻散的景象。”
錢天敦所料的確不差，鄭芝龍在派出了第二支船隊后不久，便離開了馬公港。不過他并不是從這里乘船出海，而是折向澎湖島內陸，橫穿澎湖之后，在島東北端的白坑漁村搭船出海。
鄭芝龍之所以選擇這種比較麻煩的撤離方式，也是有他自己的安全考慮在里面。首先如果他在眾目睽睽之下從馬公港率先離開，那么對于仍然沒有來得及撤離的人員來說無疑會有一種被拋棄的感受，很容易引發大的混亂不說，而且對他個人在十八芝中的形象也會起到負面影響。其次他很擔心對手的船隊隨時殺到馬公港，那時候即便船已經出海，也很難逃過海漢人那種高速戰船的銜尾追殺，因此他選擇了從澎湖島的另一頭出海，在離開澎湖海域之后再尋求與大部隊的會合。
值得慶幸的是鄭芝龍所派出的兩支阻擊船隊雖然都很快戰敗，但的確為十八芝爭取到了非常寶貴的一段撤離時間，島上的青壯幾乎都已經在聯軍艦隊抵達之前一個小時撤離了馬公港，以最快的速度往北方逃竄。被聯軍艦隊堵在馬公港的，幾乎都是散兵游勇和裝載閑散人員的船只了。
“追嗎？”王湯姆看著已經接觸到海平面的夕陽，征詢顏楚杰和錢天敦的意見。
“算了，安全第一。今天還是先把馬公港清理下來再說，明天再派船隊去攆一攆十八芝的屁股吧。”顏楚杰稍一猶豫，最后還是選擇了放棄追擊。
錢天敦對此也持比較慎重的態度：“這里島嶼眾多，我們對澎湖附近的海域又不熟悉，打夜戰太冒險了，也沒有冒這個風險的必要。還是先緩一緩，等明天再讓艦隊清理附近海 附近海域。”
兩名同僚都建議穩重應對，王湯姆也不會堅持冒險作戰，當下便通過電臺通知另外兩支艦隊，讓他們收攏隊伍，開始對馬公港碼頭進行清理。同時派船通知福建水師，讓他們派船往南北兩個方向沿海岸線進行搜索，看看澎湖島沿岸是否還有尚未來得及撤離的海盜船隊。
在意識到大勢已去之后，滯留在馬公港未能來得及撤離的數千人沒有再進行無謂的抵抗，大約三分之一的人選擇了就地投降，剩下的人則是抱著僥幸心理撤向了內陸，指望敵人對澎湖的攻打只是短期行為，打完這一波之后就會撤回大陸。
顏楚杰也沒有急于讓部隊連夜進行搜捕，而是在馬公港劃定了駐扎區，讓運兵船和貨船能偶盡快入港停靠。這次的聯合行動，海漢與福建軍方總共投入了近萬作戰人員，還動員了幾乎數目相當的民夫負責后勤輜重。不過開戰之前的種種擔心，現在看來都已經不會出現了，十八芝接連駛出丟車保帥的招數，已經表明了他們沒有打算在澎湖島上再組織像樣的抵抗。這樣一來聯軍要實現占領澎湖的作戰意圖就十分輕松了，只要逐島進行清理就行。
在軍官們上岸享用晚餐的時候，福建水師送來了另一個消息，根據之前海戰所俘獲的海盜交代，下午在海上交手的第二波海盜船是由十八芝首領之一的鄭芝莞指揮，而鄭芝莞本人的坐船已經在交戰中被海漢艦隊用火炮擊沉，估計是不太可能生還了。至此十八芝的首領中已經有三人戰死，三人被擒，這個戰果已經足以讓福建官府對朝廷和兵部都有所交代了。
入夜之后，許心素為首的福建軍方高層也全部在馬公港登陸上岸，與海漢指揮人員磋商接下來的行動安排。
“明天我們會派出兩支艦隊繼續往北進行追擊，杜絕十八芝回頭的可能。”顏楚杰言簡意賅地說道：“另外希望明軍能夠配合我們對島上展開地毯式的搜索，把可能隱匿在島上的海盜殘余分子清理干凈。”
“顏將軍放心，雖然水師在海戰中出不了多大的力，但在島上搜捕海盜一事，本官定會親自督辦，務求將殘敵一網打盡！”許心素立刻拍著胸脯表了態。
盡管雙方這次是用混編的方式組織了聯合艦隊，但真正開打的時候，也只有幾艘從海漢購買的新式戰船在一線參與了戰斗，而明軍水師的其他船只都只是在外圍控場撿漏。許心素出錢出力，也是抱著鍛煉自己親軍的念頭，不過十八芝主力都已經逃了，接下來顯然沒什么大仗可以練兵了，也只能把這搜島的差事當作主要任務了。
當天晚上，又陸續有人趕到馬公港的聯軍駐地投誠，其中還夾雜著好幾個福建官府安插在澎湖這邊的探子。根據這些人所提供的情報，聯軍指揮部基本可以確定十八芝的主力已經撤離了澎湖，乘船北上前往琉球的某處島嶼。而目前仍然滯留在澎湖列島上的十八芝人員，至少還有四五千人之多。不過剩下這些人里面已經沒有多少窮兇極惡之徒，在缺乏組織的情況下也難以再有什么的像樣的抵抗出現了。
5月2日凌晨，石迪文和羅杰各自率領艦隊駛離了馬公港，他們的任務是向北追擊十八芝的船隊，確保他們不會再半路殺個回馬槍。但因為已經過去了一夜時間，十八芝的船隊至少已經逃出去五六十海里遠，饒是海漢艦隊的航速較快，想要在短時間內追上十八芝的船隊也不太現實了。因此王湯姆給他們下達的任務并不是死追不放，而是劃定了一段距離，到了這個距離就選擇折返回來，不以殺傷敵人為目標。而明軍水師則是負責清剿澎湖列島中的周邊小島，聯軍指揮部認為這種低烈度的作戰任務也正好適合他們的戰斗力水平。
船隊出發之后，陸軍協同明軍也開始向東進發，對澎湖島進行清理。十八芝的主要據點就離馬公港僅僅數里之遙，數百名頑固分子占據了這個由荷蘭人在其占領時期修筑的小型城堡，并且試圖通過使用土炮鳥銃等武器來負隅頑抗。不過在海漢陸軍拖出四門12磅炮把城堡大門轟了個稀爛之后，里面的海盜立刻便選擇了投降。
城堡內的狀況跟昨天的馬公港一樣混亂，到處都是十八芝在撤離時扔下的各種物品，但部隊搜查之后并沒有找到什么特別有價值的東西。根據俘虜的交代，城堡內剩下不多的糧食，在昨天的混亂中已經被瓜分干凈了。至于墻頭上架設的土炮火銃，其實大部分都是已經報廢的樣子貨，根本就打不響，這也讓先前以為遇到硬骨頭準備要打一場的民團陸軍有些泄氣。
畢竟海軍多少還打了兩場仗，再不濟已經有戰功墊底了。而陸軍從昨天登陸以來，卻連一場像樣的交戰都沒有，好不容易碰到個堡壘有人據守，結果放了兩輪炮就投降了。這么打下去陸軍只怕是一點軍功都撈不到了，而軍官們開戰之前大肆嘲笑海軍只能當運輸隊的話還歷歷在目，此時卻是被打臉打得啪啪作響了。
高橋南在第一時間就從俘虜中隨機挑選了二十人，押到旁邊分作兩隊進行審問。他要知道島上哪里還有海盜的據點，以便能夠盡快趕去剿殺。要是動作慢了被明軍搶在了前面，那他可是真沒臉向錢天敦交代了。
在當著俘虜們的面接連砍了三個不肯合作者的腦袋之后，剩下的俘虜都被嚇得不輕，恨不得能把祖宗十八代的族譜都背出來。高橋南也并不擔心自己的做法會被舉告，他的這種方法簡單粗暴但極其有效，當初在安南打仗的時候就曾經多次依靠這種手段獲取了重要情報，軍方高層也就一直很放任他用比較暴力血腥的手段來獲取戰時情報。畢竟在戰場上只問戰果，不問過程，沒人會在乎敵人的死亡率有多高。