對于軍方來說，攻打馬尼拉的行動無異于一塊誘人的大蛋糕，從國防部到基層的部隊，凡是參與了此次行動的人員和集體，都能在戰爭結束之后或多或少地得到一些非常實惠的好處。國防部要的是執委會給予軍方更多的資源和軍費，以及政策上的傾斜；將領們要的是擴充手下部隊的編制，提升裝備水平和戰斗力；基層軍官們會得到升官發財的機會，普通士兵也會因為這次行動的最終勝利而獲得豐厚的作戰補貼。
不僅如此，在這場戰爭中為軍方提供輔助的各種單位，比如安全部、海運部、醫療衛生、民政部門等等，在戰后也都會得到相應的獎勵。新近拿下馬尼拉這么一處已經成型的殖民地，就意味著又有許多官職和崗位的空缺出現，這對很多人的職業生涯而言，都算是一個難得的升遷機會。
西班牙人在這里的經營比較粗放，總督府總攬全局，但下面的具體管理工作可就沒有海漢社會那么詳細的分工了，很多事情都是全部匯總到總督府由阿拉貢內斯一言而決。從某種程度上來說，他這個菲律賓總督可算是一個土皇帝了，統治權完全掌控在自己手中，日子可能要比國內的某些高官還過得更舒服一些。
不過這種統治方式的弊端也是顯而易見，各個領域的工作安排自然是混亂不堪，效率極低，以至于西班牙在這里統治了大半個世紀，也僅僅只是開發了馬尼拉城周邊百里的范圍，甚至都沒能在馬尼拉灣周邊地區建設起第二座城市，僅有一些千人規模的市鎮。就連甲米地港這種外國商人和移民聚集的貿易港區，常駐人口也不過才三四千人，遠遠比不了海漢在城市建設方面的進度和成就。
在海漢看來，西班牙人對馬尼拉灣及周邊地區的利用簡直就是暴殄天物，巴石河以北的平原在后世可是著名的產糧區，而西班牙人對這些地區的開發缺乏長期的規劃，完全就是任由移民自行操作，而極少有類似海漢種植園或是集體農場的操作模式。如果以海漢的模式，由農業部制定開發計劃，那這幾十年的時間足夠在當地開墾出數百平方公里的農田了。
按照海漢的設想，馬尼拉地區完全可以效仿三亞、高雄、石浦等地，在這里依托天然港灣建設一個海灣貿易區。只要附近區域的農業開發能夠跟上城市發展的速度，供應足夠養活城市人口的農產品，那么馬尼拉灣在一段時期之后成為幾十萬人居住的大殖民區也是指日可待。
如果以馬尼拉灣為中心，不但能夠讓海漢的海上影響力覆蓋整個菲律賓群島，而且可以串起浙江舟山定海港、臺灣島高雄港，呂宋島馬尼拉港這一條貫通南北的海上航線，為海漢下一步將海上疆域擴展到南方的加里曼丹島，班達海、、帝汶海、所羅門海等海域作準備。
這樣的長遠規劃，即便是西班牙這種海上強國也很難效仿，因為這必須要以掌握精確的海圖為基礎，而對于這個時代的航海家來說，茫茫無邊的大海中有太多的不可知地帶，要探索一片海域往往要花費數年甚至是數代人的時間。但對海漢航海家來說，掌握了海圖就等于下棋占了大大的先手，探索陌生海域所需花費的時間要比這個時代的同行縮短了太多。
當然了，紙面上的規劃要落實下來，所需做的工作仍然繁雜無比，要對馬尼拉灣的開發進程進行海漢式的改造，要在這里投入的管理人員涉及多個領域，所需從海南島等其他統治區抽調過來的人員至少數以百計。而這個調動工作，也不見得會比軍方為此次行動備戰時的大范圍調動輕松多少。
在執委會正式委任新的行政長官之前，軍方將代為行使這一區域的管理權。為此作戰指揮部也在戰后第五天搖身一變，成為了“馬尼拉地區臨管會”。
雖然以阿拉貢內斯為首的本地文武高官大部分已經落網，但海漢也不敢保證本地的民情就不會再出現反復，畢竟西班牙人在這里統治了好幾十年，對本地民眾而言海漢軍是毫無疑問的侵略者，也說不定還會有一些人存有武力反抗的意圖。所以雖然臨管會已經公開宣布戰爭告一段落，但依然在馬尼拉城內執行著嚴格的宵禁，以防有人暗中串聯生事。
而臨管會除了維持本地的治安之外，還有一項極為重要的任務便是分門別類地處理本地居民。生活馬尼拉城及周邊區域的民眾主要分為三類，一是從歐洲來到這里的西班牙移民及其后代，二是歸化并接受西班牙統治的本地土著和外來移民，三是外來的商人及家人隨從。
從海漢維持統治的角度來說，第三類人的比例不大，危險程度也比較小，在查明身份，確定其立場傾向于新統治者，或者至少保持中立之后，便可以恢復其自由，去留自選也不是問題。
第二類人相對比較復雜，但只要是愿意留下來歸化新統治者的民眾，海漢這邊都可以照單全收。至于想走的，按照海漢一貫的處理方式，那自然是得繳納一筆費用才能重獲自由，便是所謂的“買路錢”。
而第一類人不管是否對海漢采取了武力抵抗措施，幾乎都進行了羈押。在海漢看來，這些西班牙移民的反抗意愿是最高的，必須要控制起來，直至將這些人統統逐出國境。而且其中那些身份顯赫、有權有勢的本地官員、富商等大人物，那更是需要上繳一筆價值不菲的贖身費才能重獲自由。比如總督阿拉貢內斯所選擇的贖身費，就是跟海漢軍合作，將他所知的西班牙統治措施和民情數據和盤托出，這個代價不可謂不大了。
不管是屬于哪一類，出于各種原因而自愿留在馬尼拉城的 拉城的民眾還是相當多，甚至一些貨真價實的西班牙移民因為一直在這里生活，不愿因為這場戰爭就離開這里，寧可放棄自己的西班牙國籍也要留下來。當然了，對這些生在這里長在這里的西班牙人來說，地球另一面的“祖國”實在談不上有什么歸屬感可言，不過只是一重限定發展的身份罷了。改變國籍，在他們看來也不算是什么大逆不道的舉動，更何況新的統治者看起來實力要比西班牙殖民政府強出太多，或許抱緊這條大腿才是今后美好生活的開始。
但在海漢看來，仍然會有一種“非我族類其心必異”的顧忌，對于這些西方人并不是那么放心，只是要如何安頓這些人，今后又該怎樣定位他們的社會地位，都是需要民政部門慢慢撓頭去解決的問題。
而要對整個馬尼拉地區的數萬常住人口進行統計和調查，這無疑又是一項非常繁重的工作，只能是一邊統計一邊對已經分類，確認其處理方式的移民進行相應的操作。但由于參與前期調查統計工作的人手嚴重缺乏，登記資料往往并不細致，所以也會導致軍方對這些移民的操作顯得簡單粗暴，期間所出的問題多如牛毛。
但海漢執委會也不是對馬尼拉地區所面臨的問題熟視無睹，陶東來等人當然知道要將當地完全托管給軍方只能應急，而非長久之計，必須要有經驗豐富的官員盡快去往該地，接管當地的民政事務才行。何況出征當地的部隊大多都是海漢軍中王牌，戰爭結束之后就需盡快回到各自的駐地，所以在海漢軍出征的同時，海漢內部也在進行人事調整，為的便是要給這邊新的疆域任命文武官員。
對馬尼拉這種新占領的地區進行管理，官員必須要有一定的地方執政經驗才行，而且要對南海的地理人文比較熟悉，能夠很快地適應當地的環境。一番內部篩選之后，執委會為馬尼拉所選定的行政長官是原海口地區負責人邱元。他在海口的表現有目共睹，執委會在與他本人進行溝通之后，邱元也希望能夠有一個更大的發展平臺來施展自己的政治抱負，于是便基本敲定了此事。
而邱元所騰出來的位子，則是由原本擔任廣東地區政商事務負責人的馬力科接任。馬力科是海漢第一批外派至大明統治區的官員，從駐崖辦調任駐廣辦，數年間的工作業績也堪稱出色。不過也正是因為如此，他便一直都在廣東地區負責跟當地官府打交道，而沒有真正得到一個地方大員的職位來讓他表現自己的施政能力。而當時與他同時調去駐崖辦任職的邱元，如今卻已經快了一步，已經接管了發展空間更大的新統治區。
而派去與邱元搭檔的武官也是從廣東調回來，原本在駐廣辦負責安保工作，如今是海漢駐廣武官代表的蕭良。之所以選中他作為邱元的搭檔，主要是看中了蕭良在廣東期間主持了金盾護運的人員篩選和培訓工作，并且執委會交給金盾護運的一些特殊任務，也是由蕭良進行安排，期間可沒少干在大明境內剿匪的差事。這些工作經歷讓蕭良在治安戰領域的實際操作經驗非常豐富，正好適合處理馬尼拉目前的治安狀況。
這對搭檔其實在海漢遠征軍出發之前就已經回到三亞會合，但因為有許多需要他們掌控的事務得在戰前就做好準備，理清頭緒，所以兩人也并未隨遠征艦隊一同出發，而是留在了三亞研究手頭的資料，制定今后的施政方案。直到海漢軍攻破馬尼拉城，前線指揮部確定了戰局不會再出現大的反復，三亞這邊才派船將他倆及各個部門抽調的四十多名官員和專業人員送往馬尼拉。
邱元與蕭良一行人抵達馬尼拉港，已經是在戰事結束一周之后了，他們的到來對于仍然在這里駐留的將領們無疑是一大福音。這些天處理本地的各種民政事務，已經是讓軍方將領們焦頭爛額，不勝其煩了，現在只需要將工作交接給新班子，自己就可以拍屁股走人了。
南海特戰大隊將直接返回星島駐地，繼續為海漢國守衛馬六甲海峽航道的控制權。羅杰已經快要待不住了，巴不得立刻就拔營走人，回到自己的地盤上去。
哈魯恭率領的騎兵營卻是要返回北方，只有在寬闊的平原上，騎兵們才能有真正的用武之地，而且哈魯恭認為鍛煉騎兵的最好辦法就是與另一支騎兵交戰。目前能夠滿足他這個需求的對手，大概就只有遠在遼東的后金了。
王湯姆的海軍艦隊則是要分為幾路，各自回到原本的駐地。至于海軍陸戰隊，王湯姆還是打算讓他們與騎兵營同路返回北上，再到前線去接受一番實戰錘煉。
而作為海漢軍中王牌的特戰營，大概會比較特殊一點，他們會回到三亞，享受一個短期休假。期間執委會可能會對這支屢屢立下大功的精銳進行非公開的檢閱，然后便是論功行賞，包括高橋南在內的一大批軍官都會得到相應的獎勵。而特戰營編制升為獨立團，大約也就是在這個時候公布了。
至于之后的去向，國防部目前倒是還沒有一個確定的說法，但如果按照錢天敦的意愿，他并不希望特戰營繼續回到北方戰線上去跟后金作戰。這是因為特戰營的兵員大部分來自南方，到遼東半島作戰會讓他們的戰斗力大打折扣，而且當地的環境也的確是讓特戰營辛辛苦苦練就的熱帶地區戰術根本就沒法派上用場，只能憑借戰術素養和武器優勢硬頂著上，這并不是錢天敦樂于見到的景象。
關于此事他已經多次向國防部和執委會反映過，而這次回到南海作戰，特戰營所表現出來的戰斗力和精神面貌正好充分證明了他的意見，想來之后對特戰營的使用安排，應該也會考慮到這方面的因素了。