針對西班牙人的戰事很快便在南亞地區爆發，這次卻并非由海漢牽頭發起，而是葡萄牙和荷蘭兩國。他們的目的很明確，便是要趁著西班牙國力下降的時候，對其海外殖民地實施全方位的打擊，亞洲自然也是這個戰場的一部分。
盡管此時西班牙在亞洲地區的貿易份額已經大為萎縮，與大明、日本等地的貿易幾乎陷于停滯狀態，但葡萄牙和荷蘭可不想錯過這個痛打落水狗的機會，他們想要的不僅是斷絕西班牙在東方的商路，更是要將其徹底逐出亞洲地區。這樣他們便能實現對東西方貿易渠道的壟斷經營，從而獲得更豐厚的利益。
此時的西班牙在海漢連年打擊之下已經徹底放棄了菲律賓群島，將地盤收縮至更南邊的蘇拉威西島、馬魯古群島、新幾內亞島一線，以確保在這些地區經營的殖民地還能繼續產出各種香料。丁香、肉豆蔻、胡椒等香料販運到歐洲的利潤依然相當可觀，因此盡管承受著巨大的外部壓力，西班牙人卻依然不肯放棄在東方的經營。
葡荷兩國為了確保萬無一失，自然也是向海漢發出了邀請，希望海漢也能以盟友身份一起出兵，打擊西班牙在南亞地區的殖民地。
但海漢對清剿這些地區的西班牙殖民地已經沒有太大的興趣，這一是因為路途遙遠，即便是從離其最近的軍事基地馬尼拉灣出兵，前往目標地區也有超過三千里的航程，如果作戰期較長，那么后勤補給就會成為很大的問題。而西班牙在當地的殖民地比較分散，想要速戰速決顯然不太現實。
二來海漢在這個時期陸續吞并了原屬大明的大片土地，這些地區要全面納入到海漢治下，還需要很多時間來進行消化。為了保證這些地區能夠實現平穩過渡，海漢將大量武裝部隊都部署到了這些新占領的地區，甚至為此還抽調了一部分原駐地在海外的部隊回到大陸上駐扎。
相較于遙遠的的南亞，那自然還是東亞大陸對海外更為重要。這樣一來，海漢就已經沒法抽調出多少兵馬去南亞參加葡荷兩國主導的軍事行動了。所以對于葡荷兩國主導的這次軍事行動，海漢只是由馬尼拉地區象征性地派出了兩艘戰船，一艘運兵船和四艘綜合補給船組成的小型艦隊，前往該地區配合葡荷兩國的行動。
在東亞大陸進入1648年冬季的時候，多國聯軍開始向南亞的西班牙殖民地發動了攻勢。由于西班牙殖民地所在的地區屬于熱帶，因此倒也沒有冬季的概念，每年只分雨旱兩季，而十一月至次年年中便是旱季，葡荷兩國選定這個時候動手，也是考慮到旱季更便于實施大規模的軍事行動。
戰斗首先在蘇拉威西島北端的美娜多港打響。這里只是一個人口不到兩千的小型殖民港，生活在此的西班牙人其實還不到總人口的一半，另一半常駐人口是由來自歐洲大陸的探險者、流放罪犯、待業水手和本地土人共同組成。
港口小鎮沿著在此入海的一條河流兩岸修筑而成，由于缺乏天然港灣，這里的碼頭只能建在河岸邊，因此往來此地的貿易商船其實并不多。過去這里只是一個在地圖上都找不到的小地方，直到近些年西班牙在東南亞的地盤萎縮至南亞一隅，美娜多港才開始變得熱鬧起來。
不過由于這里的開發規模有限，又沒有便于防御的天險地形，西班牙人并未在這里部署成建制的武裝部隊，只有維持地方秩序的少量武裝人員而已。先期抵達這里的葡萄牙船隊幾乎沒有遭遇像樣的抵抗，便順利完成了登陸。
參與行動的海漢艦隊在三天后才抵達美娜多港，不過這個時候葡萄牙人已經攻占了這個地區，該殺該搶的都已完事，倒是無需海漢軍幫忙了。
而荷蘭人此時則是從蘇拉威西島以西的爪哇海方向趕來，不過他們的目標并非已經被葡萄牙人染指的蘇拉威西島，而是從其南端穿過弗洛倫斯海，直撲馬魯古群島。
馬魯古群島又被稱作香料群島，荷蘭、葡萄牙、西班牙三國這這一地區的纏斗由來已久，1511年葡萄牙人抵達這里之后，馬魯古群島便沒有再太平過了。不過早前西班牙實力占優，葡荷兩國往往是敗多勝少，但如今西班牙已經顯出頹勢，荷蘭東印度公司自然是要趁著這個難得的時機痛打落水狗，將西班牙控制下的地盤搶到自己手里。
由于地質結構的原因，馬魯古群島地震頻繁，而且還有活火山分布，其實并非宜居之地。西方殖民國家看重這里，主要還是為了當地出產的香料作物。
西班牙被迫放棄菲律賓群島之后，便在馬魯古群島新建擴建了數十處殖民地，雖然規模都不算太大，不過這一地區的面積跟南海相差無幾，荷蘭人想要一處一處地清剿過去也頗費工夫。
西班牙在這一地區仍然保有幾十艘武裝帆船，但問題就在于他們的殖民地過于分散，在無法預知對手進攻目標的前提下，就很難將武裝力量集中起來保衛某個島嶼或者某處港口。因此前期的數次交戰中，西班牙幾乎都未能阻止起像樣的抵抗，接連吃了多次敗仗。
直到1649年春，西班牙艦隊在馬魯古群島以南的班達海撞到了在此游弋的荷蘭艦隊，雙方才當面鼓對面鑼地正式交戰了一場。
西班牙艦隊在船只數目和武器裝備方面都明顯占優，擁有數艘退役戰船，而荷蘭這邊則是親一色的武裝商船，雙方交戰之下，西班牙一方很快就占據了上風。在進行了兩天的海戰后，荷蘭人付出了三艘帆船的代價，不得不主動撤離了戰場。而西班牙人得勝之后士氣大振，又一口氣追了好幾天，一直追到蘇拉威西島南端，才最終放走了一路敗退的荷蘭船隊。