早朝并未由此結束，此次案件是勛貴集團為代表的五軍都督府和文官集團所掌控的兵部弊端的體現。
當初明太祖朱元璋設置五軍都督府和兵部共掌軍政，是讓其相互制約，隨著時間的推移，五軍都督府已成了擺設，兵部的權力無限擴大，所以導致了京營、衛所的腐敗。
現在的兵部權力之大，已經危害到大明的執政生態了，簡單來說就算皇帝要用兵也必須通過兵部的同意，兵部還有權駁回皇帝的調兵旨意。
兵部又是文官把持，文官的老大是誰？東林黨，這也是為什么崇禎調白桿軍進京時要用密旨，等所有人反應過來，白桿軍都已經駐扎好了，已經形成對朝臣的威懾了。
只有這樣崇禎才敢做接下來的事，不然你皇帝要建立新軍？我們兵部不同意，你要整頓京營？我們兵部不同意，勛貴也不同意。
而白桿軍在此，你不同意一個試試？這也突出了一個人的功勞，那就是秦良玉，她敢沒有兵部調令就聽從皇帝的密旨，換誰都不敢，也不愿，就算袁崇煥也不行。
為了更好迎接接下來的戰爭和各種改革，必須要分權兵部，也是對前線將士的生命負責，不然由一群整天之乎者也的腐儒、一群只知爭權奪利的人來指揮軍隊作戰，算什么回事？
“鑒于此案體現出朝廷軍政諸多弊端，已無法滿足如今作戰的要求了，所以朕欲設立大明司令部，與六部同列，下轄作戰司、軍法司、參謀司，司令部負責指揮、調遣、管理全國軍隊！”崇禎拋出一記驚雷！
“陛下不可，我大明自太祖以來，皆有兵部轄制軍隊，陛下此舉會亂了祖制”，兵部右侍郎霍維華著急勸諫道。
“陛下立司令部權力之大，怕生出諸多事端，唯恐武人亂禁，國本動蕩啊！”韓爌這個東林黨大佬出列說道。
……
接下一共十幾名文官出列反對，沒辦法誰讓皇帝動了他們的利益，這相當兵部沒有了兵權，那就是皇帝要收走他們的“武器”，以后說話怎么硬氣，怎么給自己牟利！
“諸位皆認為兵部轄制軍隊是對的，可為何我大明邊軍連年戰敗，如今盡失奴兒干都司，這是何故？京營十幾萬編制，到如今只剩一萬多老弱病殘，這又是何故？軍糧被貪墨、軍田被侵吞，這又是何故？誰能告訴朕，”崇禎質問道。
見沒人回答，崇禎繼續說道：“朕告訴你們，是兵部已無力轄制軍隊，以致大明無可用之兵，這才是國本不固！”
“孫愛卿，你這個兵部尚書說說這個司令部該不該立？”
“回陛下，司令部是應運時代而生，當立！”孫承宗當然支持，這些軍改皇帝可是和他們這些近臣說過的，而且作為上過戰場的老將，他當然知道兵部的掣肘，知道司令部是正確的。
“臣等附議孫閣老！”一大波勛貴自動出列附議，剛才你們這幫文官可是要喊對我們勛貴“抄家滅族”，現在我們也來惡心你們一把。
“既然如此，大明司令部就此成立，諸多細節，之后頒布！”
“陛下圣明！”
“退朝！”
“恭送陛下！”
今日注定是不平凡的一日，連皇帝的老丈人都被整下來了。
而對于這波勛貴的處理也透露一個信號，你們勛貴給朕老實點，朕連老丈人都搞，還搞不了你們？
而兵部也成為笑談，連軍權都沒有了，文官集團再也沒有和皇帝正面對抗的能力。
接下來幾天皇帝頒布了司令部的諸多細節和編制人員。
司令部最高長官是總司令，往下是司令，司令往下是三司，即作戰司、軍法司、參謀司，作戰司由諸多軍帥組成，軍法司是李邦華等人主導下轄憲兵隊。
而參謀參司是由崇禎新提出的，由楊嗣昌主導，下轄各級參謀，分別是軍級參謀、師級參謀、旅級參謀、團級參謀，負責輔助作戰指揮官，為指揮官謀劃，處理所屬單位的日常事務，包括收集情報、聯絡等工作。
這是崇禎參考后世軍隊體系結合大明現狀，作出的附和當下國情的部署。
這樣做的目的就是分化領兵武官的權利，指揮權、司法權、行政權分立，避免武官獨攬大權，造成尾大不掉和造反等情況出現。
還有一個考慮是，明末基本上沒有能指揮大規模軍隊作戰能力的軍官，目前只有袁崇煥一個，而這樣的部署就是為了大規模作戰的準備。
出乎所有人意料，皇帝親任司令部最高長官—總司令，大家才意識到皇帝是要徹底掌權軍隊。
而原兵部尚書孫承宗調任司令部司令官一職，加封太子太保，官居一品，同時司令部還有兩名司令官，一品柱國夫人秦良玉和英國公張維賢。一個部同時三名正一品大員，而且最高長官是皇帝，這就意味著無人能干涉司令部，畢竟其他部最高品級也就是正二品的尚書。
御書房內孫承宗、張維賢、秦良玉、李邦華、楊嗣昌、孫傳庭等一系列新軍體系的人還有兵部新任尚書俞安性等一些兵部大臣正在商討皇帝的新軍品級制度。
“陛下這軍銜制為何種制度，臣等愚鈍，請陛下明示？”孫承宗等人被崇禎又一個新制搞迷糊了。
“軍銜制是武官的一種品級制，和文官的九品相似，但又相互獨立！”
“朕將全軍上下，分為將官級、校官級、尉官級，每個官級又有細分，比如將官分為少將、中將、上將、元帥…”，崇禎將后世軍銜制跟諸位大臣介紹。
足足商討一整天，眾人才帶著感慨離去，皇帝陛下真乃天人，這是眾人心中的認知。
從司令部和軍銜制的確定，就標志著皇帝將軍和政徹底分離，再也不是以前那樣連個兵部文官也能帶兵上陣了。
同時確立了諸將的軍銜，三位司令為上將軍銜、新軍軍帥和李邦華、楊嗣昌為中將軍銜，往下的師長為少將，以此類推。當然只是初步確立，具體還要實施后才能發現問題，而且新制暫時只在新軍執行，其他邊軍暫時為持原樣，崇禎不會傻傻的認為自己現在有動邊軍的能力，畢竟新軍還沒形成戰力，軍威也沒有打出來。
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