從1639年的金州和約簽署之后，雖然大明北部邊疆地區得到了暫時的和平，但大明和滿清都明白這只是一個階段性的停火協議，并沒有就此停下備戰的腳步。特別是在軍備升級方面，兩國都有著極為明確的目標，就是盡快組建海漢式的火器部隊，以此來提升軍隊的戰斗力。
但兩國的升級途徑卻有著明顯的差異，滿清得到了由日本平戶藩兵工匠人改良過的槍炮制造技術，以及西班牙人提供的火器部隊操練方案；而大明則是通過各種途徑向海漢采購了大量的火槍火炮，并同步展開仿制，只是仿制品的作戰效能仍與海漢造有明顯的差距，所以在關外展開的反擊作戰并未取得理想的結果。
但經此一役，雙方也都意識到對方的作戰方式已經有所改變，想要戰勝對方就必須得在軍備方面下更多的工夫。
由于雙方再次開戰，金州和約也就自動失效了。既然大明沒有通過官方渠道請求海漢出兵，那海漢也無心參與這兩國在山海關至錦州之間的來回絞殺。這個時期與滿清的貿易額已經相當可觀，帶給海漢的利益也讓執委會必須審慎對待再次與滿清開戰的選擇。
而此時的大明因為國庫空虛，不得不繼續向國內加派賦稅來補充軍費開支。特別是南方被海漢滲透得比較厲害的地區，如廣東、福建、浙江等地，更是成為了額外征稅的重點區域。原因無他，目前大明國內也只有這些地方因為長期保持安定局面，且對外貿易繁榮，所以還算比較富庶，在朝廷看來仍有不少油水可榨。
但廣東部分地區已經落入海漢掌控，而福建由許心素把持，想從他兜里掏錢可并不容易，至于浙江地區，雖然仍受朝廷管轄，但各級地方官府大多與海漢建立了密切的利益關系，對朝廷的指令也是陽奉陰違。
1642年秋，被派往福建監督稅賦征收的太監與地方官員發生沖突，許心素一怒之下把太監一行人全都抓了起來，把為首幾人直接砍了腦袋，并公開宣布福建不會接受朝廷加派的賦稅。
雖然此時福建名義上還有朝廷任命的巡撫和三司官員，但絕大部分地區都已在許家勢力的掌控之中，許心素放出來的話，可要比朝廷政令更為有效。如果朝廷要就此追究許心素的責任，那么這次沖突很可能就會演變成分疆裂土的戰爭。
崇禎最后還是在爆發內戰的壓力面前選擇了妥協。他深知福建的地方武裝可不是中原農民軍能比，許心素麾下的精銳部隊幾乎是清一色的海漢裝備，而且不少武官都有隨海漢軍在外征戰的經歷，想對福建動手，后果恐怕將會難以收拾。
但即便朝廷對許心素的逾矩行為保持了沉默，還是因此加快了福建從大明分裂出去的速度。不久之后許心素便找了一些理由，宣布接管福建地方政務，由設在漳州的行政機構取代了原有的三司衙門，并對地方官員進行了一番大清洗。那些仍然立場鮮明堅持效忠朝廷的官員就成為了清洗對象，由效忠許心素的官員頂替了他們的職位。
這一場清洗一直持續到1643年，在此期間朝廷雖然嘗試過與許心素達成和解，但依然無法阻止許心素在當地的為所欲為。北方與滿清的沖突斷斷續續，讓大明根本無法再抽出足夠的兵力來應付南方的內亂。更何況一旦南方開戰，與許心素同氣連枝的海漢很可能也會同步動手，到時候失去了恐怕就不只是一個福建而已了。
在南北兩邊都開始吞并大明的時候，位于浙江的石迪文也不甘寂寞，但執委會不同意對浙江大肆出手，因為海漢還需要通過這個地區將大量商品輸入到大明內陸的長江流域，并由此獲得各種物資和原材料，一旦引發戰事可能會使得貿易長期中斷。
無奈之下，石迪文也只能再次將主意打到了海對面的日本。1643年春，兵強馬壯的東海艦隊再次出兵日本，對正在重建中的平戶島又進行了一輪清洗。
此時的東海艦隊編制已經不僅僅只有海軍，還有兩個營的陸軍一同跨海出征。以這樣的兵力配置拿下剛剛恢復了幾分元氣的平戶島自然不在話下。不過對于部隊在當地俘虜的大量日本人，石迪文也沒打算將其全部運回土地有限的舟山島進行安置，而是在戰斗結束后揮師南下，直接去占領了讓軍方心心念念多年的佐世保灣。
石迪文的目的很明確，既然浙江這邊的拓展范圍有限，要想繼續擴大控制范圍，那就只能對別國下手了。而他與北方的陳一鑫之間已經達成了某種默契，朝鮮半島以北地區歸陳一鑫，以南則由石迪文負責。而南邊的臺灣島是由執委會直接管理，石迪文不能插手，自然就只能把主意打到日本頭上。
舟山當局自行負責整個行動的一半經費，因此執委會也就沒有對此提出反對意見。而佐世保灣納入治下后，石迪文便可以此為基礎，逐步控制日本的進出口貿易，并且還能就近引入人口，長遠來看肯定是劃算的買賣。
而且在佐世保灣設立軍事基地后，石迪文也有更為充分的理由繼續擴大東海艦隊的編制。日本列島雖然自然資源貧乏，但也足以供養一支活動范圍足以輻射整個西太平洋的強大艦隊了。
1644年，海漢在南海展開了更大的動作。
馬尼拉當局出兵南下，對棉蘭老島和蘇祿海地區殘余的西班牙殖民點進行了掃蕩，并接管了棉蘭老島南端薩蘭加尼灣內的西班牙殖民地，向該地區遷入了一千五百余名漢人移民。
馬六甲海峽方向，羅杰率部自星島南下，直抵巽他海峽，攻占了蘇門答臘島南端的班達楠榜。這里原本只是屬于亞齊國的一個小海港，不過由海漢控制此地之后，由印度洋進入爪哇海和南海的南方航道就不再只是荷蘭東印度公司一家獨享的資源了。